שכר הלימוד במוסדות להשכלה גבוהה בישראל הוא מהגבוהים בעולם. בחישוב מצטבר מדובר לרוב בהוצאה של כמה עשרות אלפי שקלים טובים, סכום לא מבוטל בתזרים המזומנים השנתי של רובנו. רשות המיסים מעניקה הקלות מסויימות במיסוי לסטודנטים, אך לרוב לא מקבלת את שכר הלימוד כהוצאה מוכרת הפטורה במס.
זיכוי במס
בתחילת 2006 נכנסה לתוקפה פקודה שהוצאה כחלק מרפורמה במערך המיסוי בישראל, לפיה כל אדם שסיים תואר ראשון או שני יקבל חצי נקודת זיכוי במס הכנסה לתקופה שאורכה כתקופת הלימודים. עבור מסיימי תואר ראשון מדובר בתקופה בת עד שלוש שנים ועבור מסיימי תואר שני שנתיים, החל משנת המס שלאחר שנת סיום הלימודים. התקנה לא כוללת לימודים לתואר שלישי, למעט סטודנטים לרפואה או לרפואת שיניים. תלמידים שלמדו לתעודת הוראה זכאים אך הם לאותה הטבה לתקופה של שנה בודדת. סטודנטים במסלול ישיר לתואר שלישי מקבלים הקלה בשיעור דומה למשך שנה לאחר התואר הראשון ולמשך שנתיים נוספות לאחר תום לימודי התואר השלישי. הזיכוי של חצי נקודה מוערך כהקלה במס בשיעור של כ-1000 ש"ח בשנה.
שכר לימוד כהוצאה מוכרת
בלא מעט מקרים בהם נדרש לישב את הסוגיה בין אזרח לרשויות המס, אישר בית המשפט הישראלי שכר לימוד כהוצאה מוכרת הפטורה במס. במקרים הללו נעשתה ההבחנה בין לימודים לצרכי השתלמות ושימור הידע המקצועי הקיים ללימודים שמטרתם רכישת מקצוע או יצירת מקור ידע חדש. באופן כמעט גורף לימודים אקדמאים נחשבים ללימודים מהסוג השני, שאינו פטור. בפסק הדין 'אמיר מאיר ואחרים נגד פקיד שומה טבריה', פסק בית הדין לזכות רשות המס במקרה של רואי חשבון שביקשו פטור ממס על שכר הלימוד של לימודי משפטים.
שכר לימוד ששולם על ידי המעביד כפטור ממס הכנסה
ישנם מקרים בהם מעסיק שולח את עובדיו ללימודים או מאשר להם לימודים ותשלום שכר הלימוד נעשה דרך תלוש המשכורת ומעלה את שיעור מס ההכנסה השנתי למעביד. בפסק הדין שניתן בעניין עובדים בבנק יהב שנשלחו ללימודים כחלק מצעד התיעלות של הבנק, נקבעה זכאות להקלה במס. בית המשפט נימק בכך שהבנק שילם את החלק הארי בשכר הלימוד והתועלת בהכשרת העובדים היא בעיקר לטובת הבנק והתיעלותו ולא רק לצרכים אישיים של העובדים. בפסק דין 'יאיר היכל' שהוצא מאוחר יותר, נדחתה תביעה דומה של עובדת שביקשה פטור על לימודי תואר שני. בית המשפט קבע שלימודים מטיבם של תואר ראשון ושני, לעולם לא יחשבו בגדר שמירת הידע הקיים אלא תמיד רכישת גוף ידע חדש ומשמעותי, מהסוג שאין לפטור במס. שני פסקי הדין הסותרים הללו עלו לבוררות בבית המשפט העליון כך שהמילה האחרונה בעניינם עוד לא נאמרה ויש לקוות שהמחוקק הישראלי יפתור את הסוגיה בחקיקה ולא יותיר אותה לפרשנות משתנה של בתי המשפט.