לבניה ירוקה השפעה ידועה ומוכחת על בריאותם של המתגוררים במבנה. המטרה של הבניה הירוקה היא לא רק לדאוג לסביבה אלא לדאוג גם לאדם, לנוחותו ולבריאותו. מבנים ירוקים נהנים ממאפיינים שונים שלהם השפעה חיובית על בריאותו ומצב רוחו של המתגורר לדוגמא:
אחד הגורמים שהכי משפיעים על בריאותם של המתגוררים במבנה הוא היקף הפליטה של רעלים מחומרי הבנייה אל תוך פנים המבנה. התקן לבנייה ירוקה מביא את השימוש בחומרים שלא פולטים תרכובות אורגניות נדיפות או קרינה מסוכנת, הם ידידותיים לאדם ולסביבה ולא פוגעים בבריאותו.
מבנה ירוק הוא מאוורר איכותי ויש בו תחלופת אוויר יעילה הגורמת לתחושה נעימה ומצמצמת את הצורך בקירור בקיץ. כל אלה נעשים באמצעות תכנון נכון של המבנה, למשל על ידי הצבת החלונות בהתאם לכיווני הרוח או על ידי ניצול הפרשי הלחצים באזורים שונים של הבניין. במבנים שאספקת האוויר שלהם מגיעה ממערכת המיזוג המרכזית בלבד, קיים פוטנציאל להגיע לאחוזי חמצן ואיכות אוויר נמוכים. מבנה ירוק מאופיין בתכנון של מערכת המיזוג באופן ששאיבת האוויר תהייה ממקור נקי, שתהיה הפרדה בין פתח היניקה לפתח הפליטה של האוויר, ושייעשה שימוש בפילטרים לסינון של האוויר.
היבט "ירוק" הוא גם ניצול מרבי של אור טבעי אשר ידוע כבעל השלכות חיוביות על הבריאות ועל מצב הרוח. בהקשר זה לדוגמא, ישנה חשיבות לקיומם של חלונות בכל החדרים בשני קירות שונים לפחות, ולתכנון של פתרונות הצללה שיתאימו למניעת חימום יתר בקיץ. דגשים נוספים ניתנים לנושאים כמו מניעה של רעש, שימוש ברהיטים שאינם פולטים רעלים, בחירה במערכת הסקה שרמת פליטות הפחמן שלה נמוכות ועוד.
החשיבות המיוחסת לנושא הבריאות בבנייה הירוקה מקבלת ביטוי משמעותי בתקן הישראלי לבנייה ירוקה מה שמייחד לנושא זה פרק משלו. משקל פרק הבריאות והרווחה בתקן הישראלי לבנייה ירוקה נע בין 10% מהניקוד הכללי עבור מבני מגורים והתקהלות ציבורית, ועד 19% מהניקוד הכללי עבור מבני חינוך. התקן מתייחס לנושאים כגון: תכנון ביו–אקלימי של הרוח, אוורור, הספקת אוויר צח ממקור נקי, איכות האוויר במבנה, שליטה ברמת המשתמש של הטמפרטורה והתאורה, ניצול תאורה טבעית, מניעת סנוור, איכות אקוסטית, צמצום קרינה אלקטרומגנטית וצמצום פליטות תחמוצת חנקן.